浙大纳米生物实验中心-ZCNI Biotechnology Service Platform

Small RNA是一大类调控分子，几乎存在于所有的生物体中。Small RNA包括：miRNA，ncRNA，siRNA，snoRNA，piRNA，rasiRNA，等等。Small RNA通过多种多样的作用途径，包括mRNA降解、翻译抑制、异染色质形成以及DNA去除，来调控生物体的生长发育和疾病发生。Small RNA转录组测序是鉴定和定量解析small RNA的新方法和有力工具。
优势：
• 可进行任何物种的small RNA序列测定—不需要基于前体序列信息或是二级结构信息的探针。
• 全基因组范围—研究样品中任意大小、已知或未知的所有small RNA。
• 数字化转录本表达分析—绝对定量表达水平跨越5个数量级的转录本丰度。
• 检测罕见转录本和转录变异体，如单核苷酸突变(SNP)。
测序流程：

1.从总 RNA中分离 small RNA
2.5′接头连接和纯化
3.3′接头连接纯化
4.RT-PCR扩增
5.Small RNA文库的纯化
6.文库的检测
7.DNA在Cluster Station成簇扩增
8.Illumina Genome Analyzer上的测序
9.生物信息学分析
样品要求：
1. 提供浓度≥750ng/μl、质量≥20μg的总RNA，提取总RNA时避免使用过柱法，建议在送样前进行OD值和电泳方法进行初步检测。
2. 提供相应物种的基因组和相关的外显子、内含子、重复信息。如果没有本物种的基因组，需要提供近缘物种的相关信息。
我们提供如下服务：
A.测序结果分类将分为microRNA, piRNA, tRNA, snRNA, rRNA, snoRNA 等，最后绘制饼图分布。
B.计算已知microRNA的表达量（序列个数），对于处理-对照实验设计采用Audic Claverie test筛选两个样本间的差异表达microRNA。
C.预测新的microRNA基因：我们根据solexa测序得到的未知序列信息，结合基因组提供的序列上下文信息，使用miRDeep预测solexa测序得到的未知序列中可能存在的novel microRNA。
D.进化分析：跨物种比较microRNA 序列的保守性及种子序列的保守性。对于一个物种预测出来的新的microRNA,结果示例(对号表示序列完全一致，灰度升高表示保守性依次降低)。
E. microRNA 基因簇分析：将新预测的microRNA在基因组上定位，并寻找可能同时转录的microRNA。
F.探索性分析：
 microRNA编辑：microRNA 可能发生部分位置碱基的编辑，导致种子序列改变，从而导致靶基因发生改变。如：5th T->G。位于seed序列的中间，将直接导致靶基因发生变化；
 Viral microRNAs：solexa 结果由于测出的序列较多，带有病毒来源的microRNA，可能与病毒感染或共生有关；
 natural antisense miRNAs：microRNA 是stem-loop 结构。其反义链也是stem-loop 结构。同样也能形成microRNA，这是一类新的microRNA；
 其反义链也是发卡结构.而在solexa测序结果中也能测到anti-sense的序列。因此生物体能存在自然反义microRNA,这是一种全新的microRNA种类；
 Endogenous siRNA：由假基因或基因组重复序列生成。
 SNP分析：包括前体及成熟体中SNP 的寻找，对靶基因影响等。限于人、小鼠等有SNP 数据的生物。如：human miR-146a*的G/C SNP
 另外：提供microRNA solexa与表达谱solexa结合分析、microRNA solexa与蛋白质谱结合分析、microRNA solexa与专业文本挖掘的结合分析、microRNA solexa与microRNA靶基因和转录因子三组分网络的构建与分析等服务。

3.ChIP-Seq测序分析

4.转录组测序服务(RNA-Seq)