测序与重测序 :
- 将待测序的DNA进行纯化,并保证DNA的完整性,且OD 260/280的比值在1.8-2.0之间;
- 取1-10 µg符合上述要求的DNA采用超声破碎的方法随机打断DNA,保证DNA片段主要集中在800 bp以下,产物要通过预实验的电泳检测,确定产物片段大小;
- 将超声破碎后的DNA样品纯化(建议采用QAIquick PCR Purification kit),50 µl EB洗脱,-20℃保存。
SNP发现、筛选:
- 总DNA浓度大于103拷贝/μl,保证在103-105拷贝/μl,提供足够使用的DNA;
- 提供有关样品来源及DNA提取详细信息(本中心可另行提供DNA提取服务);
基因表达测序:
由于RNA样品的特殊性,除非样品总量的非常受限,我们在实验进行之前将对客户提供的RNA样品进行质量检测,如果样品未通过质量监控,我们将在芯片杂交之前通知客户,并按照总费用的10%收取费用。
品质优良的RNA样本是实验成功的重要因素,因此我们要求客户在送样品之前首先要对该RNA样品进行质量监测,同时我们也将用Agilent BioAnalyzer 2100仪器检测RNA的纯度和完整性。
①.RNA质量控制标准介绍:
- OD260 / OD280在1.9-2.1之间;
- 电泳28S条带亮度与18S条带亮度的比值大于1.8;
- Bioannalyzer分析RNA完整性数据(RIN)大于9.0;
- 无基因组DNA污染。
RNA样品在符合上述要求后,还必须避免含有蛋白、其它细胞器、以及许多分离方法中使用的有机溶剂(如苯酚或乙醇)和盐。
另:RNA的抽提方法有很多种,Ambion公司的ToTALLY RNA™ Kit 或Qiagen公司的RNeasy都是不错的方法。我们希望任何按照TRIZOL方法抽提得到的RNA最后都能经过RNeasy柱纯化。如因样品未经RNeasy纯化而导致实验失败,我们不负任何责任。
②.RNA样品数量要求:
将5-10 µg符合要求的总RNA样品稀释于50-100 µl无RNase的超纯水中,-20℃保存。
小RNA鉴定与定量分析:
客户只需提供实验最初需要的总RNA即可,而总RNA可以通过许多分离方法得到, Ambion公司的ToTALLY RNA™ Kit 或Qiagen公司的RNeasy都是不错的方法。 RNA质量控制与 转录组学分析的标准相同(见上)。 我们建议客户在送样品之前首先用1%琼脂糖凝胶和EB染色的方法检测RNA的质量,并采用安捷伦公司2100生物检测仪(Agilent Technologies 2100 Bioanalyzer)检测总RNA的完整性;同时客户将样品送来后,我们也将首先用该生物检测仪对RNA进行质量控制,每个样品的检测费用为30美元。
RNA质量控制标准及RNA数量要求同“基因表达测序”。
高通量测序仪测试送样单( 表格下载) |